日本のたまねぎ栽培は、明治4年、アメリカから輸入した種子を、札幌官園で試作したことから始まりました。札幌農学校で教鞭をとったウィリアム・P・ブルックス博士が、農学校周辺の農家に栽培指導を行い、札幌村が玉ねぎ栽培を始めたとされ、玉ねぎ栽培の発祥の地となりました。
明治13年に札幌村（現在の東区）の農家・中村磯吉が、一町歩（およそ1ha=100ｍ×100ｍ）の畑でたまねぎ栽培に成功、東京へ運搬して販売を試みたものの、東京ではまだ見慣れない野菜だったため全く受け入れられず、泣く泣く廃棄して帰ってきたといわれています。その後、同じく札幌村の農家・武井惣蔵が、商人に販売を委託することで商業的にも成功を収めました。

明治13年の末、札幌 手宮（現在の小樽）間に鉄道が開通し、流通面が整備されてきたことも一因となり、これ以降、玉ねぎ栽培は急速に拡大していきます。札幌村はもともと、肥沃で風が強く乾燥しやすいという、たまねぎ栽培に向いている環境だったこともあり、これ以降たまねぎの作付量が急速に増え、有数のたまねぎの産地になります。

現在の札幌黄作付け面積は、札幌市のたまねぎ全体（約300ha）の約3%になっています。ブルックス博士が故郷のアメリカ・マサチューセッツ州から持ち込んだと言われている「イエロー・グローブ・ダンバース」という品種は、多年栽培の結果、北海道の風土に馴化せるものとす」となり、優良品種に認定されます。品種改良を重ね、「札幌黄」として北海道だけでなく、ロシアやフィリピン等へ輸出するほどの生産量であったと言われています。

北海道では、長らく、札幌を含めた石狩管内が北海道の最大の玉ねぎ産地でしたが、札幌の人口が急増し、宅地化が進んで畑自体が減ってきたことなどから、昭和46年にオホーツク管内に生産量で抜かれてしまい、現在に至っています。そして、昭和50年ごろから、病気に強く品質が安定している交配種F1（FirstFilialGeneration（一代交配種）の略称）を育てる農家が増え、作付面積が減少してきました。

年号が平成になると、玉ねぎ畑の宅地化がますます進み、札幌における玉ねぎ自体の生産量が大きく 減少しますが、札幌黄という玉ねぎの存在はおろか、かつて札幌が玉ねぎの一大産地であったことすら忘れ去られようとしていました。何軒かの農家では「絶やしてはならない」という使命感を持って、細々と作り続け、近年の「地産地消」運動や「在来種」の見直し、何より「味の箱舟」の認定を受けたことにより、再び札幌黄が脚光を浴びることとなりました。

「札幌黄」は、病気に弱いことに加え、遺伝子に多様性があるため形が不揃いのものが多いこと、また近年多く流通しているたまねぎと比べ日持ちもしないことなどから、生産量が少なく、なかなか市場に流通していません。しかしながら、一般に流通しているたまねぎよりも肉厚で柔らかく、加熱後の甘みが強いため、根強いファンも多く、近年「札幌黄」を好んで使うレストランも増えてきています。その特徴的な味と、入手のしにくさが相まって「幻のたまねぎ」と言われています。

「札幌黄」の原種と考えられている「イエローグローブダンバース」の作付け地として札幌村を選び、栽培技術を指導したウィリアム・ペン・ブルックス博士。札幌村郷土記念館の保存会（橋場善光（はしば・よしみつ）会長）が博士の功績を称え、長く後世に伝えたいと考え、2022年10月4日、「ウィリアム・ペン・ブルックス博士顕彰碑」が建立されました。