館内には大友亀太郎文書や開拓当時の人々の生活を復元した炉端、玉ねぎの栽培や耕作に使用されていた農機具やドサンコ馬の剥製などが常設展示されています。中でも大友亀太郎の文書には、慶応3年に皮切りに入植した農民や田畑の開発、それらの出納や運用など30年分を書きつづった古文書や、御手作場で雇われていた農民とその家族の名前や出生地、年齢、入植した月日などを記載した古文書が含まれています。

記念館の前庭には、札幌玉葱記念碑と大友亀太郎・役宅跡記念碑が建設されています。玉葱記念碑は期成会により、日本最古の玉ねぎ産地を築き上げた栽培に尽力した先人に感謝し、札幌黄を後の時代へ受け継ぐ目的で制作されたものです。
上部の黒石には、「わが国の玉葱栽培この地にはじまる」文字が刻まれています。また、記念館保存会による大友亀太郎の像と「大友亀太郎役宅跡」の碑が建立されているが、両碑文とも高木圭助館長の書によります。
さらに、2019 （平成31） 年10月、 明治天皇 の1881（明治14）年の札幌村行幸を記念し、札幌村郷土記念館の前庭で「明治天皇行幸記念碑」が建立されました。

1987（昭和62）年2月、開拓に関する大友亀太郎文書、玉ねぎ関係の歴史資料は札幌市有形文化財に、記念館の敷地は、大友亀太郎役宅跡として史跡に指定されました。

2018（平成30）年11月、「大友亀太郎の事績と大友堀遺構」がNPO法人北海道遺産協議会より北海道遺産に選定されました。